هنرى چهارم پادشاه قشتاله ، اين اتهام بالا گرفت . پادشاه براى اسقفها فرمانى صادر كرد كه به كار اينان نيك برسند و مرتدين و ملحدين را معاقبت كنند . در اثر اين فرمان اين يهوديان تازه مسيحى شده را به محاكم كشيدند و جمعى را در آتش سوختند . ولى مسائل داخلى قشتاله مانع آن شد كه اين اقدام دامنهء گسترده‌ترى بيابد . در اين هنگام پاپ سيكستوس چهارم كوشيد تا محاكم تفتيش عقايد قشتاله را فعال كند . نماينده‌اى با اختيار تام از سوى خود به قشتاله فرستاد تا ملحدان و مرتدان را بگيرد و عقوبت كند . پادشاه و ملكهء قشتاله - فرناندو و ايسابلا - در عين اينكه خود از تعصب دينى بهرهء بسيار داشتند ، نمىخواستند كه بدين‌گونه كليسا در امور داخلى مملكتشان مداخله ورزد . ازاين‌رو مدتى چشم فروپوشيدند و از تحريض كشيشان به طرد و تعقيب متهمان خوددارى ورزيدند . به ويژه به صدق نيت و حسن‌عمل يهوديان مسيحى شده اعتقاد داشتند و در وفادارى آنان به دستگاه سلطنت ترديد روا نمىداشتند . پادشاه و ملكه مدت درازى نتوانستند در برابر اصرار كشيشان مقاومت ورزند . عاقبت فرمان تشكيل محاكم تفتيش عقايد را در قشتاله هم صادر كردند تا همان كارهايى را كه در آراگون مرتكب شده بود ادامه دهد . گويند به اصرار توماس دتوركمادا رئيس دير آباء دومنيكن در سانتاكروث در شقوبيه ، ملكه ايسابلا قانع شد كه اجازهء تشكيل محاكم دهد . البته توماس كشيشى بود كه ايسابلا در برابر او اعتراف كرده بود و كشيش را در او نفوذ فراوان بود . همچنين پيش از آنكه ملكه به تخت سلطنت فرارود ، از ملكه قول گرفته بود كه اگر روزى به پادشاهى رسد به حمايت از مذهب كاتوليك ريشهء بددينان و مرتدان و بدعتگذاران را درآورد . در سال 1478 فرناندو و ايسابلا ، سفيران خود را نزد پاپ فرستادند كه در اين باب فرمان رسمى صادر كند . پاپ نيز در ماه نوامبر همين سال فرمان را صادر كرد . نخستين گام براى تنفيذ فرمان پاپ در سال 1480 برداشته شد و سه تن قاضى براى اولين محاكم در اشبيليه برگزيده شدند و بدين‌گونه محكمهء وحشتناك تفتيش عقايد قشتاله كار خود را آغاز كرد .